Comentario
Mientras la diplomacia aseguraba la posición española en la política europea, la Corona se ocupó también de asegurarla en las nuevas tierras. Rápidamente se organizó una segunda expedición, cuidadosamente preparada por Juan Rodríguez de Fonseca, arcediano de Sevilla y miembro del Consejo de Castilla. La flota, dirigida también por Colón, estará compuesta por 17 barcos y unos 1.500 hombres, incluyendo no sólo soldados, marineros y caballeros, sino también artesanos, labradores, oficiales reales y seis sacerdotes (a las órdenes del fraile benedictino Bernardo Boyl). En cambio, no iba ninguna mujer, quizá porque el objetivo, más que colonizar, era asegurar la ocupación efectiva del territorio, único título que se sabía válido en la práctica, pese a la donación formal del Papa.
La impresionante flota sale de Cádiz el 25 de septiembre de 1493 y desde las Canarias enrumbó hacia el sur-oeste, marcando así la que será una de las rutas más usadas por los europeos. En sólo 21 días cruzó el océano y tras un recorrido por las Antillas Menores (Dominica, María Galante, Guadalupe, Antigua, San Cristóbal, Saba, Santa Cruz, Islas Vírgenes) y Borinquen (bautizada San Juan, hoy Puerto Rico), se detuvo en la Española, comprobando que el fuerte Navidad había sido destruido por los nativos.
El segundo viaje de Colón simboliza bien la superposición entre descubrimiento, conquista y colonización: se exploran islas (las ya mencionadas, más Cuba y Jamaica, que llama Santiago), se emprenden campañas de castigo contra los indígenas (en abril de 1494 Colón envía a Ojeda con 400 hombres hacia La Vega Real, en el interior de la isla Española, para someter a los indios), se fundan ciudades (primero La Isabela, pronto reemplazada por Santo Domingo, al otro lado de la isla), y comienza la explotación económica, meramente extractiva al principio: oro y esclavos es lo único que interesa. Como el oro era escaso, y había que compensar en parte los costos de la expedición, en febrero de 1495 Colón envía a España 500 esclavos indígenas, inaugurando así un tráfico esclavista que la reina Isabel cortará ordenando el regreso de los taínos a sus tierras.